Man sollte daher immer den Gedanken im Kopf haben, dass eine nicht sauber durchgeführte Quarantäne schlimmstenfalls den Tod aller Tiere bedeuten kann. Die Quarantäne sollte ebenfalls durchgeführt werden wenn noch keine weiteren Reptilien im Haus sind. Die Einrichtung sollte möglichst günstig sein (falls man alles entsorgen muss) und sollte auch gut sauber zu halten sein. Als Wetbox eignen sich grundsätzlich Tupperwareboxen oder sonstige Plastikboxen mit Deckel in welche man ein Loch schneidet. Am geeignetsten bei kleinen Tieren ist die Wetbox mit feuchtem Haushaltspapier auszulegen. Bei grösseren Tieren nimmt man ein feuchtes Handtuch welches man regelmässig austauscht und im besten Fall bei 90 Grad gewaschen wird. Bei trächtigen Echsen sollte ausnahmsweise ein grabfähiges Substart wie feuchter Kokoshummus verwendet werden. Als Verstecke dienen bei kleineren Tieren z.B. Einwegsuppenteller und bei grösseren Tieren umgedrehte Plastikkisten mit Einstiegsloch. Als Bodengrund eignet sich Zeitungspapier oder Haushaltspapier das nach jeder Verunreinigung ausgewechselt wird. Allgemein sollte man auf gute Hygiene achten und in der Quaranäne regelmässig durchwischen und Hinterlassenschaften sofort entfernen. Das Wasser sollte täglich gewechselt werden und wenn man noch weitere Tiere hat sollte man ausserdem Einweghandschuhe tragen, diese zwischen jedem Terrarium/Tier wechseln und dazwischen die Hände desinfizieren. Jedes Terrarium/Tier sollte auch die eigenen Utensilien wie Futterpinzette, Futterbox etc. haben, diese sollten nicht wahllos wechseln um Infektionen zu vermeiden. Am besten hat man auch für jedes Quarantänetier einen gewissen Platz wo man die Einrichtung, Pinzetten etc. immer hinlegt z.B. beim saubermachen und diesen festen Platz beibehält, so können weniger Schmierinfektionen entstehen. Ein Dampfgerät hat sich ausserdem zur Reinigung der Quarantäneterrarien bewährt da es ohne Chemie mit grosser Hitze Erreger abtötet.

Tiere die bereits vor der Quarantäne zusammen waren können auch in der Quarantäne zusammen gehalten werden. Der Nachteil ist, dass man nicht weiss von wem der Kot stammt oder wer evtl. erbrochen hat, im besten Fall kommt also jedes Tier einzeln in Quarantäne. 

Bei Boa, Bartagamen und Python macht es Sinn beim Tierarzt einen Virusabstrich machen zu lassen da dies eine der eher häufigeren Krankheiten ist bei diesen Reptilienarten. Bei allen Arten sollten mindestens 2 Kotproben auf Parasiten untersucht werden, diese könnt ihr entweder beim Exotentierarzt abgeben oder selbst versenden ans Labor. Bei Leopardgeckos und Kornnattern sollte man ausserdem dringend mindestens 3 Kotproben auf Cryptosporidien untersuchen lassen, diese Krankheit ist hochansteckend und auf Dauer immer tödlich und leider noch nicht heilbar. Infiziert man seinen Bestand mit sowas sind alle Tiere früher oder später dem Tod geweiht.

Die Quarantäne sollte im Durchschnitt 3-6 Monate dauern, dies ist immer davon abhängig wie fit ein Tier ist oder um welche Art es sich handelt, ob Parasiten festgestellt wurden die noch behandelt werden mussten etc. Es hört sich alles erstmal sehr übertrieben an, das ist klar. Aber man kann sich leider so manches von überall her einfangen, auch wenn der Vorbesitzer sagt "meine Tiere sind gesund und waren es immer!" meistens wurde dann eben nie ein Test gemacht und meistens sind es dann eben genau die Tiere die dann was einschleppen. Um also euren Bestand zu schützen (und auch eure Terrarieneinrichtung wenn es eure ersten Reptilien sind) sollte immer immer immer eine konsequente Quarantäne durchgeführt werden!